为确定毛重楼的系统位置，基于24条序列构建的ML系统进化树。2个外类群物种独立为一支；毛重楼与蚤休属 Euthyra L. 的禄劝花叶重楼等聚成一支，再与延龄草属 Trillium L. 聚成一支，之后与北重楼属Paris L. 聚为一支，这3支在 《被子植物 APG 分类 法 IV 》（ APG IV 分类系统均归属为延龄草亚科 Subfam. Trillioideae A. Gray ）），表明相较北重楼属而言，毛重楼与延龄草属的亲缘关系更近；延龄草亚科 Subfam.Trillioideae 与藜芦亚科 Subfam. MelanthioideaeEaton 聚为一支归属于藜芦科。

 

 

值得一提的是，百合科贝母属与藜芦科分布在不同的进化支上，支持率为100。在之前的研究中，学术界对重楼属植物的系统进化关系一直存在着较大争议。如李恒26和Dumortier提出重楼属与延龄草属二者构成一个单系类群，亲缘关系最近，应归属于延龄草科Trilliaceae ））；而在《中国植物志》中重楼被归属于百合科Liliaceae。

 

本研究结果表明，相较藜芦科，毛重楼与百合科的关系较远，基于叶绿体基因组的系统进化分析，支持将毛重楼从百合科中独立，归属为藜芦科，这一结果与前人的研究结果一致。从属下等级来看，基于叶绿体基因 组的ML树显示，广义重楼属被分为 5 个类群，分别是蚤休组 Euthyra Sect. 、五指莲组 Axialis Sect 、黑籽组 Thibeticae Sect. 、日本重楼 Kinugasa S ect. 和北重楼组 Paris Sect. 这一结果与前人的研究结果存在一定的分歧，如 Franchet 认为重楼属分为 Euparis Sect. [ 和 蚤休组 2 个组；而 Hara [3 1和 Takhtajian [3 2 学者则认为重楼属应分为北重楼组、日本重楼组和侧膜组3个组 [31 32] 。李恒 [ 33] 则将其分为侧膜亚属和中轴亚属，而后再分成海南重楼组Dunnianae Sect. 、蚤休组、 禄劝 花叶 重楼 组Marmoratae Sect. 、球药隔 重楼 组 FargesianaeSect. 、五指莲组、黑籽组、日本 重楼组和北重楼组 。

 

鉴于重楼属植物分类的分歧，从叶绿体基因组系统发育的角度来看，重楼属植物应分为5个类群较为恰当。