尝试与NCBI中重楼属部分物种进行比较，但发现NCBI数据库的多条重楼属物种 ycf1 和rps15 基因缺失达 5300 bp ，尚不清楚是物种问题还是测序深度所造成，因此，采用了本课题组装拼接的序列进行比对，以期更进一步理解他们之间的差异。

 

毛重楼

 

全局比对采用在线基因组比对工具mVISTA ，以项目组已发表的峨眉重楼叶绿体基因组（ NC_050052 ）为参照，对毛重楼和滇重楼NC_052909 ）叶绿体基因组序列进行比对分析。结果显示 3 条叶绿体基因组序列中非编码区变异高于 保守的蛋白编码区域， LSC 区、 IR区变异明显大于 SSC 区， rRNA 基因高度保守，几乎没有变异。

 

变异较大的基因有atp F 、 trn L UAA 、 cem A 和 acc D ，其他基因的保守程度非常高，绝大多数的基因相似度都在 90%以上。3 个重楼属植物的基因间区，如 trn T UGU trn L UAA 、 rbcl acc D 、 trn L CAU ycf 2 、 trn Ftrn V 、 trn E UUC trn T GGU 、 trn S GCU trn GUCC 、 rps 8 rps 14 等，其基因间区变异均大于基因区。

 

毛重楼

 

此外，毛重楼变异相对较大 ，如 trn QUUG 和 ycf 2 基因，以及 psb K psb L 、 atp H atp L和 pet D rpo A 基因间区。这些位点为毛重楼的分子鉴定提供了新的位点资源。