尝试与NCBI中重楼属部分物种进行比较,但发现NCBI数据库的多条重楼属物种 ycf1 和rps15 基因缺失达 5300 bp ,尚不清楚是物种问题还是测序深度所造成,因此,采用了本课题组装拼接的序列进行比对,以期更进一步理解他们之间的差异。
毛重楼
全局比对采用在线基因组比对工具mVISTA ,以项目组已发表的峨眉重楼叶绿体基因组( NC_050052 )为参照,对毛重楼和滇重楼NC_052909 )叶绿体基因组序列进行比对分析。结果显示 3 条叶绿体基因组序列中非编码区变异高于 保守的蛋白编码区域, LSC 区、 IR区变异明显大于 SSC 区, rRNA 基因高度保守,几乎没有变异。
变异较大的基因有atp F 、 trn L UAA 、 cem A 和 acc D ,其他基因的保守程度非常高,绝大多数的基因相似度都在 90%以上。3 个重楼属植物的基因间区,如 trn T UGU trn L UAA 、 rbcl acc D 、 trn L CAU ycf 2 、 trn Ftrn V 、 trn E UUC trn T GGU 、 trn S GCU trn GUCC 、 rps 8 rps 14 等,其基因间区变异均大于基因区。
毛重楼
此外,毛重楼变异相对较大 ,如 trn QUUG 和 ycf 2 基因,以及 psb K psb L 、 atp H atp L和 pet D rpo A 基因间区。这些位点为毛重楼的分子鉴定提供了新的位点资源。