滇重楼研究虽然较多，但在具体的繁育技术方面较为薄弱。随着重楼资源的减少，近5年来，重楼的规模化人工栽培大规模兴起。但重楼种植基地普遍存在规划不科学、布局不合理、规模小、种植管理粗放等问题，缺乏有力的科技支撑和相对统一的繁育栽培技术，标准化栽培程度低。由于不同产区不同种植户采用各种繁育栽培技术，标准不一、方法各异，也影响了滇重楼产品的质量，所产出的商品滇重楼良莠不齐，质量无法保证，因此规范滇重楼的繁育栽培技术，加大其基础理论和繁育研究，是滇重楼产业发展的必然要求。
2.种苗多源、品种混杂
由于滇重楼资源稀缺，药商收购时并不进行细分，只要是重楼就收，从而造成市场上滇重楼商品药材良莠不齐，极大地影响和限制了滇重楼药材的使用。有的地方多种重楼自然混种在一起驯化种植，繁殖材料混淆，种质杂乱。目前，云贵川重楼产区许多农户和试图进入滇重楼种植的公司，对重楼属植物还是有一定认知，但对于应该种植和发展的种类或品种并不熟悉，在购买种苗时很难保证质量。
滇重楼种苗
3.繁殖困难、种苗期管理苛刻
滇重楼种子具有“二次休眠”的生理特性，播种后需要经过两个冬天和一个夏天才能萌发，出苗时间长，出苗率低，按照一般直接播种程序其出苗率只有10%左右。根茎切块繁殖是目前最为成功的繁殖方式，但根茎是其药用部位，生产种苗消耗块茎量大，提高了生产成本，且占用了大量的生产原料，导致栽培用种与医药原料的矛盾加剧，切段后的根茎，由于大田水分和温度难以控制，易发生腐烂并感染病害，种质材料损失,繁殖率低，不便管理，种植成本高。滇重楼组织培养方面的研究目前还未取得令人满意的结果，仅有茎尖作外植体能诱导出愈伤组织，而且生长缓慢，不含原植物中的皂甙，采用茎、叶、花蕾等部位作外植体都不能得到愈伤组织。
滇重楼种子
4.生长周期长
滇重楼的传统药用部位根茎的自然生长速度十分缓慢，从种子生长为药用商品的根茎，一般需10年左右，其生长周期太长，制约了重楼产业的发展。近年来，云南、四川等省都已开展了滇重楼的引种、驯化栽培工作，但各地滇重楼的人工栽培只是停留在初步的驯化栽培阶段。以往根茎切块繁殖(幼小重楼根茎更容易做到)是滇重楼的主要繁殖方式，但无论是种子繁殖还是块茎繁殖，滇重楼生长周期都较长，因此进行滇重楼的培育研究，用人工的方法促使其根茎年生长量的增加，是确保重楼药材供应的有效途径。
